广州DNA提取试剂盒哪家好解读_广州dna检测(2024年12月精选)
纳昂达文库构建试剂盒适用样本及要求详解 纳昂达通用文库构建试剂盒适用于多种类型的样本,包括全血gDNA、FFPE、血浆cDNA等。对于复杂样本的处理,如FFPE组织样本,推荐从源质控开始。以下是具体的要求和步骤: 常规gDNA 슦取试剂盒:推荐使用天根的血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒(货号:DP304)。 定量方法:基于分光光度计原理的NanoDrop和基于双链DNA荧光染料的Qubit、PicoGreen进行定量。要求OD260/OD280=1.8~2.0;OD260/OD230=2.0~2.5。 纯度评估:OD260/OD280>1.9表明有RNA污染,<1.6表明有蛋白质、酚等污染;OD260/OD230<2.0则表明有碳水化合物、盐类或者有机溶剂污染。 片段分布:1%琼脂糖凝胶电泳时,>15kb的清晰主带;Bioanalyzer或Bioptic(Qsep)分析主峰~160 bp,次峰~3。 FFPE组织 ꊦ取试剂盒:推荐使用Qiagen的QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(货号:56404)。 定量方法:与常规gDNA相同。 纯度评估:与常规gDNA相同。 片段分布:1%琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪,如Agilent2100进行样本完整性评估。 血浆cDNA 取试剂盒:根据具体样本类型选择合适的提取试剂盒。 定量方法:与常规gDNA相同。 纯度评估:与常规gDNA相同。 片段分布:根据具体样本类型进行评估。 纳昂达通用型文库构建试剂盒兼容多种类型样本的文库构建,确保样本处理和质量控制是关键步骤。
转录组分析全流程详解,从零开始到数据分析 转录组学是生物学领域的重要研究方法,通过分析基因表达水平、模式和调控机制,揭示基因功能,探索细胞的生理和病理过程。以下是转录组分析的详细步骤: 样本采集和处理 ꊩ择合适的生物样本,如细胞、组织或生物体,并进行适当的处理和保存,以确保 RNA 的质量和完整性。 RNA 提取 스褸门的试剂盒和方法从样本中提取总 RNA,去除蛋白质、DNA 等杂质。 RNA 质量检测 通过琼脂糖凝胶电泳、分光光度计等方法检测 RNA 的质量,包括完整性、纯度和浓度。 文库构建 将提取的 RNA 反转录为 cDNA,并根据研究目的和技术平台,构建相应的测序文库。 测序 𘊤詫通量测序技术,如 RNA-seq(RNA 测序),对构建的文库进行测序,产生大量的短序列数据。 数据预处理 ️ 对测序得到的原始数据进行质量控制和过滤,去除低质量的读段和接头序列等。 序列比对 将处理后的序列与参考基因组或转录组进行比对,确定每个读段的位置和来源。 基因表达定量 计算每个基因或转录本的表达量,常用的指标包括 FPKM(Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped)、TPM(Transcripts Per Million)等。 差异表达分析 比较不同条件下(如不同组织、疾病状态、处理组等)基因的表达差异,筛选出显著差异表达的基因。 功能注释和富集分析 对差异表达基因进行功能注释,如基因本体(GO)注释、KEGG 通路分析等,以了解其参与的生物学过程和通路。 结果验证 슩过 qRT-PCR(定量逆转录 PCR)等实验方法对部分关键基因的表达进行验证,以确保转录组分析结果的可靠性。 数据分析和解释 综合以上结果,结合生物学背景知识,对研究问题进行深入分析和解释,提出科学假设和结论。 转录组学的研究可以帮助我们了解诸多重要的生物学信息,揭示基因功能,探索细胞的生理和病理过程,以及研究生物在不同环境条件下的适应性变化等。
jgi引物设计结果截图 想要通过PCR技术对真菌进行测序鉴定,但结果却让人大跌眼镜——胶图上全是杂带,目的条带难以辨认。력驀择了ITS1和ITS4,按理说扩增出来的序列长度应该适中,但实际情况却让人摸不着头脑。 首先,让我们来分析一下可能的原因。PCR实验中,杂带的出现可能是由于引物设计不当、DNA模板质量不高、反应条件不合适或者存在其他污染源。젤磥个问题,我们可以尝试以下几种方法: 优化引物设计:重新设计引物,确保它们能够特异性地扩增目标序列。 改善DNA提取质量:使用更高效的试剂盒或方法提取真菌DNA,减少杂质。 调整PCR反应条件:尝试不同的退火温度、循环次数或引物浓度,找到最佳反应条件。 清洁实验环境:确保实验室和实验器材的清洁,避免交叉污染。 通过这些方法,我们希望能够得到更清晰、更准确的PCR胶图,从而顺利进行真菌的测序鉴定。
质粒转化实验全攻略:从准备到提取 质粒的转化实验主要包括三个部分:感受态细胞的制备、质粒DNA的转化和质粒DNA的提取。以下是详细的步骤: (Ⅰ)感受态细胞的制备 从活化的大肠杆菌(常用DH5a)平板上挑取一个单菌落,接种于3ml LB培养基的试管中,37℃振荡培养过夜。 将菌悬液按照1:100的比例转接到100ml液体培养基中,37℃振荡扩大培养,2~3小时。当培养液开始浑浊时,间断性测试OD600,在数值为0.3-0.5时停止培养。 将培养好的菌液转移到离心管中,冰上放置20分钟,0℃-4℃离心10分钟(4000r/min)。 弃掉上清,管口倒置以便培养液弃除干净。 加入0.1mol/L冰冷的氯化钙溶液30ml,小心悬浮沉淀细胞,冰浴30分钟。(氯化钙的浓度和纯度非常重要,不同批次不同厂家的产品均可影响感受态转化率) 4℃离心10分钟(4000r/min)。 弃掉上清,用0.1mol/L氯化钙2ml冰浴悬浮细胞(冰上放置)片刻,感受态细胞制成。 可直接用于实验,4℃保存。也可分装长期保存,加入总体积15%的灭菌甘油,-70℃条件下保存。 (Ⅱ)质粒DNA的转化 取100ul新鲜制备的感受态细胞,加入1ul质粒DNA混匀,同时设置对照组(未加质粒,未加受体菌,已知具有转化活性的DNA)。冷冻的感受态细胞要在冰上解冻,待管中最后一点冰融化后,迅即加入DNA。若解冻感受态细胞温度高于0℃,会降低转化效率。 冰浴30分钟,离心管放到42℃保温90秒(不要摇动离心管)。冰浴时间短于30分钟,可能影响转化率。然后迅速冰浴2分钟。 向离心管加800ul LB液体培养基,37℃振荡培养1小时(150r/min)。37℃生长1小时能够对于细胞恢复和抗生素抗药性表达具有最佳效果。 取适当(50ul)的复苏细胞培养液,涂布在含抗性的选择性培养基上,将培养皿放置在37℃恒温培养箱中,正置30分钟。等菌液完全被培养基吸收后,倒置培养皿,在37℃恒温培养箱中,培养12~16小时,出现菌落。 菌落结果: 无菌落:失败或者培养条件不充分。 布满菌落:呈苔样,失败。可能是抗生素浓度不够或失败。出现大菌斑,大多是由于霉菌污染所致。 布满菌落:浓度太高,失败。 出现菌落:符合要求。 (Ⅲ)质粒DNA的提取 质粒DNA的提取,由于其本身分子量小,一般采用碱裂解法提取。目前已研发出多种质粒提取试剂盒,实验操作简单,只需按照产品操作说明操作即可。
不跑电泳就谈RNA质量?那都是瞎扯! 有些人啊,真是让人无语,不跑电泳就敢谈RNA质量的好坏,简直是耍流氓!䠤𛀤🙤ﴥ⯼因为很多仪器,比如NarnoDorp2000,根本没法区分DNA和RNA。换句话说,就算你的RNA完全降解了,这种仪器也能读出高纯的OD比值和高浓度数据。所以啊,仪器数据在RNA电泳图合格的前提下才有参考意义! Trizol沉淀法:看28:18s比例 首先,咱们来说说Trizol沉淀法。这种方法提取的RNA,28:18s的比例至少得是1.5:1。为啥呢?因为用异丙醇或乙醇沉淀的时候,5s的小片段也会一起沉淀下来。所以,如果看到明显的5s条带,那其实是正常的,不提示降解。 RNA吸附柱法:两个标准 接下来是RNA吸附柱法。这个方法有两个判断标准: 28s:18s=2:1 这个标准的意思是,28s和18s的条带要清晰,尤其是亮度。28S比18s越亮越好。为啥呢?因为降解总是从大片段开始,从28s降解到18s,最后降解到5s。如果最容易降解的28s都没有降解,那就可以推理出mRNA是完好的。 5s带不出现 第二个标准是5s带不出现。总RNA包括mRNA、tRNA和rRNA。虽然现在大家都默认总RNA提取试剂盒只对mRNA、tRNA、rRNA负责,但实际情况是,这些试剂盒只提出来的是这三种RNA的混合物,重点是对mRNA负责。所以,各大公司的总RNA提取试剂盒案例所配的RNA电泳图,只有代表“总RNA”的2条带——28s和18s;代表microRNA的5s带,要不没有,要不很弱。 电泳图解析 看看这几个电泳图吧: 泳道2:完全正常的RNA——28s:18s比例大约是2:1,5s位置也基本见不到带。这就说明完全正常,无降解。 泳道3,4:完全降解了——28s和18s已经基本降解光了。两条带都看不见了。最后降解成的小片段正好和5s大小一致,所以在5s位置看到了大量的一条浓浓的降解小片段。 泳道1,5,6,7,8,9:部分降解了——28s是RNA大片段,更容易降解,所以28s首先降解,表现为28s条带变淡,18s条带明显变粗,造成28s:18s的比例竟然小于1了。然后在不该看到条带或者应该是很弱的5s位置,出现了较明显的5s大小的降解带。 总之,不跑电泳就谈RNA质量好坏,那都是瞎扯!䠥𘌦大家都能通过正规的电泳图来判断RNA的质量,别被那些不靠谱的说法忽悠了!
植物DNA提取,实验室魔法! 🠥备实验室: 在进行任何实验之前,确保实验室环境整洁,工作台面干净无杂物。戴上实验手套和护目镜,确保所有试剂瓶盖紧闭,避免试剂挥发。 𑠦 𗦜쩇集与制备: 选择新鲜的植物叶片作为样本,用剪刀迅速剪下,尽量减少细胞的氧化。将叶片洗净后,用纸巾轻轻吸干水分。 젧𛆨破碎: 将植物样本放入一个密闭的袋子,加入一小部分液态氮,然后用榔头小心砸碎样本,以保留细胞的完整性。 ⚗️ 细胞破碎缓冲液加入: 将细胞破碎缓冲液迅速加入样本袋,这将有助于破坏细胞壁,释放出细胞内的DNA。 ꠨白酶处理: 加入蛋白酶K,它会分解细胞中的蛋白质,让DNA得以充分释放。注意,蛋白酶K是一种蛋白酶,要避免直接接触皮肤和眼睛。 ᠄NA沉淀: 将异丙醇(冷冻时要冰镇)缓慢倾倒到样本中,DNA会在异丙醇的作用下逐渐凝聚。小心不要搅拌,以免影响DNA的沉淀。 实验注意事项: 戴上实验手套、护目镜,确保个人安全。 注意试剂的正确使用和储存,避免交叉污染。 实验操作要轻缓,尤其是在加入试剂和搅拌时。 液态氮使用时要小心,避免接触皮肤。 异丙醇挥发性较强,注意室内通风。 高级DNA提取方法: 随着科技的进步,研究者们不断创新,开发出更高效的DNA提取方法。例如,自动化DNA提取系统,它们像是实验室里的小助手,能够自动处理样本,让DNA提取变得更加迅速和精确。这些系统广泛应用于医学、农业和环境研究中。 ꠨盒: 如今,还有许多商用试剂盒可供选择,让DNA提取变得更加简便。这些试剂盒通常包含了预先配制好的试剂,减少了实验操作的复杂性。只需按照说明书操作,就能从细胞中提取出纯净的DNA。这极大地方便了初学者和大规模实验。
分子生物学小技巧:质粒提取全解析 슨𒒦取是分子生物学实验中的基本操作,但你真的了解其中的原理吗?很多人只知道使用试剂盒中的P1、P2、P3溶液,却对具体成分和作用一知半解。今天,我们就来深入探讨质粒提取的背后原理,让你真正掌握这项技术! 质粒提取的基本原理 质粒是独立于染色体外能够自我复制的环状DNA分子。质粒提取采用的是强碱裂解法。基本原理是:细菌悬浮液暴露于高PH的强阴离子洗涤剂中,细胞壁被裂解,染色体DNA和蛋白质发生变性,相互缠绕形成大型复合物。然后被十二烷基硫酸盐包裹,当用钾离子取代钠离子时,复合物会从溶液中沉淀下来,离心去除后,质粒DNA就存在于上清液中。由于DNA带负电,而质粒提取柱相当于一个阴离子柱,能够在高盐的条件下吸附DNA,然后通过去离子水洗脱,就得到纯化的质粒DNA了。 P1、P2、P3到底是什么? ꊐ1: 1M Tris-Hcl(PH8.0)25 mL + 0.5 MEDTA(PH8.0) 10mL 加超纯水定容至500mL,温热灭菌,常温保存。用时现加RNase。 P2: NaOH 4g + SDS 5g。加超纯水定容至500mL, 湿热灭菌, 常温保存。 P3: 乙酸钾147.21g + 冰醋酸57.5mL,加超纯水定容至500mL, 湿热灭菌, 常温保存。 实验步骤详解 튥ꌥ试剂准备:从培养箱中取出前一天摇的菌液,从中取2mL离心,去上清,备用。P1在使用前加入RNA酶。 菌体裂解:根据试剂说明,向含有菌体沉淀的EP管中加150 P1,震荡管底,使菌体全部溶解于溶液1中。然后加入150 P2,温和地上下翻转EP管8-10次。加入500 P3,立即剧烈翻转EP管8-10次,此时EP管中出现白色絮状沉淀。 过柱纯化:将EP管12000转离心1分钟,用枪头小心地吸出上清液至收集柱中。12000转离心1分钟,弃去滤液,向收集管中加入500 PW漂洗液,12000转离心1分钟,弃去滤液,重复加入500 PW漂洗液,12000转离心1分钟,弃去滤液,12000转离心2分钟。把收集柱装入新的EP管中,室温晾干5分钟。在收集柱的膜中加入50提前预热的EB buffer或去离子水。室温静置1分钟。12000转离心2分钟。得到质粒DNA溶液。 常见问题解答 ️ 质粒提取的得率低或无质粒:可能是菌体老化或质粒拷贝数低。可以重新涂布筛选,挑选新的菌落进行液体培养。 碱裂解不充分:收集的菌体含量较高时,可以酌情提高溶液P1、P2、P3的含量。 乙醇残留:漂洗液没有去除干净。可以两遍醇洗以保证盐离子完全清除。 洗脱处理不当:洗脱液加入较多或者洗脱时间过短。可以提前将洗脱液加热,从而加速DNA从柱体的脱离。 质粒的纯化不足:可能混有RNA或基因组DNA。可以避免加入溶液P2、P3时剧烈震荡,减少菌体用量。 总结 看完这篇,你是不是对质粒提取的原理有了更深入的了解?下一期,我们将继续探讨大提质粒的技术。记得关注哦!
分子克隆实战指南:PCR篇 奈子克隆的目的是构建目的基因重组体,并在细胞中验证其成功过表达。以下是主要流程: 1️⃣ PCR:获取目的基因TP53基因的CDS区(1182bp),通过PCR并经琼脂糖凝胶电泳验证条带,然后胶回收目的基因。 2️⃣ 酶切:将目的基因与载体用特定限制性核酸内切酶切割,暴露粘性末端,并分别胶回收这两部分。 3️⃣ 连接:用DNA连接酶连接暴露粘性末端的目的基因和载体。 4️⃣ 转化:将连接成功的环状产物转化到大肠杆菌感受态细胞。 5️⃣ 涂板:12-16小时后挑菌做菌落PCR验证。 6️⃣ 摇菌:直接摇菌中提(见之前菌落PCR笔记,可以省去小提步骤)。 7️⃣ 提取质粒并测序。 8️⃣ 转染:将质粒转染细胞24小时后(记得要有对照组,即只转染试剂组)。 9️⃣ 提取细胞总RNA。 逆转录成cDNA。 1️⃣1️⃣ 设计qPCR引物(Primer bank查询即可)。 1️⃣2️⃣ 实时荧光定量PCR检测目的基因TP53。 ⚠️注意事项: 1️⃣ PCR试剂盒选择:实验室之前使用Takara的Primer star高保真酶,后期发现很多国货非常好用,如ATG巨匠生物的ATG 2*Proofast Master Mix,PCR结果稳定,酶高保真且扩增效率高。 2️⃣ PCR程序设定的两个关键问题: 退火温度:与引物性质有关,注意设计引物软件中的Tm值不应算上酶切位点和保护碱基,应只含互补配对部分,这时的退火温度才是准确的。理论上一定范围内,退火温度高时,特异性好。所以很多同学碰到有杂带的情况,可以适当提高退火温度;反之,如果条带不出,可以适当降低退火温度。 延伸时间:延伸时间与片段长度有关,还与酶的延伸效率有关,可以参见DNA聚合酶的说明书。 3️⃣ 通过胶回收获得的产物是未暴露粘性末端的双链DNA,所以还需要后续的限制性核酸内切酶进行酶切,将载体和目的基因片段都暴露粘性末端,才能进一步连接。
质粒提取的四种方法及其适用范围 质粒提取是一种常见的实验技术,用于从细菌或其他生物体中获取纯净的质粒DNA。质粒提取的目的是为了进行后续的分子生物学实验,如基因克隆、基因表达和转基因等。我们通常使用商业化试剂盒来进行质粒提取,这些试剂盒可以根据实验目的和样品来源进行分类。 碱裂解法 ꯸ 原理:碱裂解法利用碱性溶液破坏细菌细胞壁和细胞膜,从而使质粒DNA从细胞中释放出来。碱性条件会导致细胞膜和细胞壁的破裂,释放出质粒DNA。随后通过中和和沉淀步骤进行纯化,去除蛋白质和其他杂质。 适用范围:碱裂解法适用于从大多数常见细菌中提取质粒DNA,特别适合小规模提取和常规实验。 高盐法 原理:高盐法利用高盐浓度破坏细菌细胞膜和蛋白质,从而使质粒DNA从细胞中释放出来。高盐浓度会导致细胞膜的破裂和蛋白质沉淀,从而实现质粒DNA的纯化。 适用范围:高盐法适用于从各种细菌中提取质粒DNA,包括一些难以处理的细菌株。这种方法对于大规模提取和高纯度要求的实验较为适用。 硅胶柱层析法 튥理:硅胶柱层析法使用硅胶柱作为质粒DNA的吸附材料。样品中的质粒DNA在硅胶柱上结合,而杂质则被洗脱。然后通过洗涤和洗脱步骤,纯化质粒DNA。 适用范围:硅胶柱层析法适用于从各种来源的细菌中提取质粒DNA,包括高GC含量的细菌。这种方法通常能提供较高的纯度和较好的质粒DNA回收率。 磁珠法 ꊥ理:磁珠法利用磁性珠子表面的特定配体与质粒DNA结合,然后通过磁场将质粒DNA与磁珠分离。杂质则被去除,最后通过洗涤和洗脱步骤纯化质粒DNA。 适用范围:磁珠法适用于从各种来源的细菌中提取质粒DNA。这种方法具有快速、高效、自动化的特点,适用于高通量实验和高纯度要求的实验。 实验常见问题和措施 芦:在质粒提取过程中,可能会发生DNA污染,导致提取的质粒DNA样品的纯度下降。为了避免污染,需要注意使用无菌操作和洁净的实验环境。 DNA降解:DNA在提取过程中容易受到核酸酶的降解。为了保护DNA的完整性,可以在提取过程中添加核酸酶抑制剂,避免长时间曝光在室温下,以及避免多次冻融循环。 低得率:有时候质粒提取的得率较低,可能由于菌落密度不足、提取方法不当等原因。为了提高得率,可以增加菌落培养的时间和密度,使用适当的提取方法,并根据实验需要优化提取步骤。 在进行质粒提取实验时,需要注意操作规范和控制实验条件,以确保提取的质粒DNA质量和纯度的准确性和可靠性。
DNA甲基化检测常见问题及解决方法 基因组DNA电泳条带弥散 可能原因: 样本降解:在提取、保存或处理过程中,样本可能发生降解,导致DNA完整性受损。 砨磥: 重新提取基因组DNA:确保提取过程中遵循正确的操作步骤,使用高质量的试剂和设备。注意样本的保存条件,避免反复冻融。 无法扩增到目的条带 可能原因: PCR反应条件不佳:引物设计不合理、退火温度不适当、PCR酶活性不足等。 砨磥: 二次PCR或巢式PCR:初次PCR失败后,尝试二次PCR或巢式PCR,以提高扩增效率。 重新设计BSP引物:检查引物的特异性和退火温度,确保引物能正确结合到目的序列。优化PCR反应体系,如增加PCR酶浓度、调整镁离子浓度。 TA克隆后筛选不到阳性克隆 可能原因: 阳性克隆率过低:PCR片段回收率低、TA克隆条件不佳、感受态细胞或T载体质量不好。 砨磥: 提高PCR片段回收率:使用高质量的回收试剂盒,遵循正确的操作步骤,避免PCR产物过度稀释或污染。 优化TA克隆条件:调整连接酶和连接缓冲液的浓度,确保连接反应在最佳条件下进行。尝试不同的连接时间和温度,找到最佳克隆条件。 更换质量更好的感受态细胞和T载体:选择高质量的感受态细胞和T载体,提高阳性克隆率。注意检查感受态细胞和T载体的保存条件和使用期限,避免使用过期或保存不当的产品。 DNA甲基化检测注意事项 WGBS和RRBS实验:确保样本的质量和数量足够,选择合适的酶和试剂,确保实验步骤的正确性。 甲基化差异水平分析:选择合适的统计方法和阈值,对结果进行解释和验证,避免误导或误判。 甲基化组学与转录组学关联分析:选择合适的关联方法和参数,对结果进行解释和验证,深入了解甲基化对基因表达的影响。
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